1) กองบริหารทั่วไป โดยแบ่งออกเป็น 5 งาน ประกอบด้วย งานอํานวยการ งานคลังและพัสดุ งานบริหารทรัพยากรบุคคลและนิติการ งานยุทธศาสตร์และพัฒนาคุณภาพ งานวิเทศ ประชาสัมพันธ์ และ ชุมชนสัมพันธ์

2) กองบริหารการศึกษา โดยแบ่งออกเป็น 3 งาน ประกอบด้วย งานทะเบียนและประมวลผล งานบริการการศึกษา งานบริหารหลักสูตรและยุทธศาสตร์การศึกษา

3) กองบริหารการวิจัยและบริการวิชาการ โดยแบ่งออกเป็น 3 งาน ประกอบด้วย งานบริหาร การวิจัย งานบริการวิชาการ ฝ่ายเครื่องจักรกลการเกษตรแห่งชาติ

4) กองบริการกลาง โดยแบ่งออกเป็น 6 งาน ประกอบด้วย งานเทคโนโลยีสารสนเทศ งานอาคาร และสถานที่ งานยานพาหนะและภูมิทัศน์ งานรักษาความปลอดภัย งานกีฬา สถานพยาบาล มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกําแพงแสน

5) กองบริหารกิจการนิสิต ยกฐานะงานกิจการนิสิต จากกองบริหารวิชาการนิสิตเดิม โดย แบ่งออกเป็น 3 งาน ประกอบด้วย งานกิจการนิสิต งานพัฒนานิสิต งานหอพักนิสิต

6) กองบริหารทรัพย์สิน ยกฐานะงานทรัพย์สินและสิทธิประโยชน์ จากกองบริหารทั่วไป โดยแบ่งออกเป็น 3 งาน ประกอบด้วย งานบริหารทรัพย์สินและจัดการพื้นที่ งานหารายได้และสิทธิประโยชน์

7) กองบริหารการกีฬา ท่องเที่ยว และศิลปวัฒนธรรม โดยแบ่งออกเป็น 2 งาน ประกอบด้วย งานกีฬา และ งานท่องเที่ยวและศิลปวัฒนธรรม

8) สถานพยาบาล มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน โดยแบ่งออกเป็น 2 งาน ประกอบด้วย งานบริการผู้ป่วยนอก และงานส่งเสริมสุขภาพ

9)สำนักงานบริหารจัดการทรัพยากรการเรียนรู้ โดยแบ่งออกเป็น 3 งาน ประกอบด้วย งานสนับสนุนการเรียนรู้ตลอดชีวิต งานพัฒนาทรัพยากร สารสนเทศ และานบริการทรัพยากรการเรียนรู้